vdmR package(Tokyo.R#55のLT)
Tokyo.R#55に参加してきました。LTで自分の作成したvdmR packageを紹介しましたが、スライドのほとんどがスクリーンキャストだったので、スライドではなくこちらにまとめておきます。
vdmR packageとは
- VDM:Visual Data Mining
- 探索的データ解析のための対話的統計グラフィックス
- 最新バージョンは0.2.2(最初のリリースは2014-09-20)
基本機能
- データフレームから複数のプロットを出力し、1つのプロットにおけるデータ点の選択によって、他のプロットの対応する点やデータテーブルの対応するレコードがハイライトする(Multiple Linked View)
- プロットはJavaScriptを含んだHTMLやSVGで出力され、ブラウザ上に表示される。
デモ1(基本機能)
デモ2(コロプレス図)
デモ1のコード
# パッケージのインストールとロード install.packages("vdmR") library(vdmR) # サンプルデータの読み込み data(vsfuk2012) head(vsfuk2012[,1:5]) # 死亡率と出生率の散布図 # Working DirectoryにHTMLとSVGが出力される vscat(MortalityRate, FertilityRate, vsfuk2012, "scat01", "vsfuk2012", color=Type, size=pop_male) # 婚姻率のヒストグラム # Working DirectoryにHTMLとSVGが出力される vhist(MarriageRate, vsfuk2012, "hist01", "vsfuk2012", fill=I("darkgreen"), color=I("black")) # Working DirectoryにデータテーブルのHTMLが出力され # デフォルトブラウザで表示される vlaunch(vsfuk2012, "main", "vsfuk2012") # inline表示 vlaunch(vsfuk2012, "main", "vsfuk2012", iframe=T)
デモ2のコード
# 平行座標プロットの出力 vpcp(vsfuk2012, 4:17, "pcp1", "vsfuk2012", groupColumn="Type", scale="uniminmax", missing="min10") # コロプレス図 # maptoolsの読み込み(事前にインストール) library(maptools) # サンプルで同梱されているシェープファイルのパスを指定 shp.path <- file.path(system.file(package="vdmR"), "etc/shapes/fukuoka2012.shp") # シェープファイルの読み込み vsfuk2012.spdf <- readShapeSpatial(shp.path, IDvar="CityCode") # 属性テーブルのプレビュー head(vsfuk2012.spdf@data) # 塗り分けのための色の設定 frcol <- ggplot2::scale_fill_gradient2(low="blue", mid="white", high="red", midpoint=median(vsfuk2012$FertilityRate)) # コロプレス図の出力 vcmap(shp.path, vsfuk2012, "CityCode", "CityCode", "map1", "vsfuk2012", fill=FertilityRate, ggscale=frcol) # データテーブルとプロットの表示(インライン) vlaunch(vsfuk2012, "main", "vsfuk2012", iframe=T)